La chiesa, in stile neo classico, fu costruita tra il 1796 ed il 1856 dall'architetto Andrea Vici, e conserva all'interno le tracce della costruzione medievale che ospita la prima comunità Francescana presente a Foligno.
Nella chiesa sono custoditi, tra altre reliquie i corpi della Beata Angelina da Monte Giove (1367-1435) e di Santa Angela (1249-1309).
Il campanile di San Francesco costruito dall'architetto Bizzani nel 1911 fu sopraelevato nel 1926 per collocarvi la statua in bronzo di San Francesco, opera di Nicola Brunelli, fusa dallo scultore G.Barberi.