Il territorio comunale è prevalentemente montano, mentre Foligno si trova completamente in pianura, nella Valle Umbra, alla confluenza di due fiumi: il Topino ed il Menotre. Il centro abitato più elevato in altitudine è la frazione di Curasci, che si trova a 1.016 m s.l.m., mentre il più basso è la frazione di Budino, posto a 196 m s.l.m. Da un punto di vista idrografico la maggior parte del territorio comunale è nel bacino del Tevere, quindi sul versante tirrenico della dorsale appenninica, mentre una parte, gli Altopiani di Colfiorito, è collocata sul versante adriatico.

Tutto il territorio comunale si trova in zona ad elevato rischio sismico, secondo la classificazione prevista dal P.C.M. n. 3274 del 20/03/2003, in "zona 1" con "rischio catastrofico".