Nasce alle pendici del Monte Pennino (1570 metri) e del Monte Acuto (1300 metri).

Dopo pochi chilometri riceve le acque del Fosso di Bagni e lambisce l'abitato di Nocera Umbra in direzione di Foligno. Sono suoi affluenti il fiume Menotre, il torrente Caldognola, il fiume Teverone, il fiume Timia, i torrenti Alveolo, Chiona, Attone, Ose, Tattarena e il Fosso dell'Anna, nonché il Maroggia ed il Clitunno che reca le acque perenni (minimo 1 m³/s) della sua celebre sorgente (Fonti del Clitunno). Il Topino attraversa i comuni di Nocera Umbra, Valtopina, Foligno, Bevagna, Cannara e Bettona. Si unisce al fiume Chiascio in località Passaggio di Bettona, per riversare quindi le proprie acque nel Tevere. Il fiume Topino ha una lunghezza di circa 77 km con una pendenza media dell'1%.

Unica città importante attraversata dal fiume è Foligno, dove il fiume è stato regimentato, per proteggere la città dalle inondazioni, nella prima metà del XIX secolo ad opera dell'ing. Antonio Rutili (Foligno, 1799-1850). A Foligno esiste un parco fluviale urbano del Topino.

Era noto in tempi antichi come "Timia" ed è citato da Dante Alighieri nel Canto XI del Paradiso. Strabone chiama nel lib. 5 della sua Geografia il Topino col nome di Tenea, e Silio Italico lib. 8. e Plinio l.5.c.3 lo nomina Tinia. (Jac Disc. sulla Città di Fuligno).

Nel 1253, a Foligno viene attuata la deviazione del Topino stesso che, fino a quel momento, passava entro l’abitato. Ne furono artefici i Perugini che stavano assediando la città. Essi, per impedire ai Folignati di servirsi dei loro molini, deviarono il corso urbano del fiume convogliandolo in un nuovo alveo, realizzato utilizzando un fossato già scavato dagli stessi Folignati per proteggere le mura ad ovest. Tale alveo è quello dove tuttora scorre il Topino alle porte del centro storico.
Comunque lo stesso Statutum Populi di Foligno prescrive che venga corretto, approfondito ed ampliato l’alveo del Topino.
Nel 1459 i Folignati si apprestano a procedere alla “dessicatione delli paludi del piano de Foligno et tucti terreni occupati dalle acque”, nonostante una controversia con Bevagna, e nel 1473 la bonifica poté considerarsi, sebbene non perfettamente, compiuta. Ma questa stessa riguardava solo l’area sud occidentale; a sud-est della città, invece, permanevano vaste zone allagate, delle quali si avrà ragione nel secolo successivo.
Poiché era impossibile bonificare terreni a monte se non c’era accordo per lo smaltimento delle acque a valle, fu stipulata un’intesa tra Foligno e Montefalco per rendere più spedito il corso del Teverone, e si diede avvio al ponte-canale che permetteva al Clitunno di inviare acqua al Molino di Montefalco.
Ormai il prosciugamento delle aree inondate cominciava ad apparire come un’impresa non impossibile e un contributo essenziale a questa opera fu dato da un uomo famoso nell’Italia centrale, cittadino folignate, Francesco Jacobilli che nel 1561 acquista una vasta estensione di terra paludosa e ne comincia la bonifica. Nel 1566 l’operazione di recupero ambientale e fondiario era condotta a termine anche nei dettagli.
Nel 1600 fu condotta a termine la deviazione del corso del Topino per spostarne la confluenza con il Timia sette chilometri più a valle, poiché il punto d’incontro fra i due alvei era quasi alle porte di Foligno. Con l'intervento la lunghezza del fiume si era ridotta di quasi quattro chilometri, aveva un andamento più diretto e quindi più efficiente ai fini del drenaggio. Inoltre ebbe nuovo corso anche il Meandro (Clitunno orientale) libero di proseguire per proprio conto verso Bevagna non essendo più intercettato dal fiume. Con la deviazione del Topino il Chiona divenne affluente del nuovo Topino.
I grandi lavori di prosciugamento dei secoli XV e XVI nella Valle Spoletana, avevano realizzato una conquista tutt’altro che duratura. La popolazione viveva nel timore continuo del cedimento degli argini e di allagamenti che oltretutto spandevano sui terreni abbondanti materiali ciottolosi. Questi eventi erano dovuti alla scarsa manutenzione, a causa dell'onerosità dei costi, ma anche ai fenomeni di innalzamento del fondo dei corsi d'acqua a causa di depositi alluvionali.
Già nei primi del 1600, alcune zone della campagna bevanate, rischiano frequenti inondazioni poiché si trovano ad una quota più bassa rispetto ai due fiumi.
Lavori di rettifica e canalizzazione del Topino, del Chiona e del Teverone vengono realizzati, ma per quanto onerosi e talvolta diretti da tecnici valenti, non sortirono i risultati sperati perché non collegati in un quadro d’assieme e perché inadeguati alle dimensioni del problema.
Infatti, nel secolo XVIII la situazione non migliorò: lungo le pendici che fanno cerchia al bacino i torrenti divennero più aggressivi e a valle le piene furono più rovinose. Nel 1748 Foligno riconosce che il suo territorio è uno dei più fertili della valle; ma nello stesso tempo, uno dei più minacciati dai numerosi fiumi e torrenti che lo attraversano. In tempi di piena questi riversano sulle campagne abbondanti ghiaie e ciottoli. Qualche area paludosa talvolta permane in estate e, proprio come lungo le pianure litoranee, l’insalubrità dell’aria e la malaria ne sono le conseguenze. La bonifica della pianura non è mai completa ne definitiva.
Nella dettagliata descrizione dello stato e dei rischi dell'idrografia dell’epoca fatta dallo Sforzini per redigere un piano di risanamento della Piana, ritroviamo questioni identiche a quelle contemporanee che richiedono, ieri come oggi continua manutenzione e controllo.
Tra le cause degli alluvionamenti vengono menzionate per esempio: la presenza di vegetazione spontanea e di alberi da frutto all’interno degli alvei con conseguente vorticità, erosione sulle sponde e riduzione di deflusso delle acque; gli spazi vuoti entro gli argini prodotti dall’infradiciamento degli arbusti secchi, che creano delle vie preferenziali all’acqua; il trasporto di materiale solido e quindi l’innalzamento del fondo alveare con conseguente diminuzione di protezione arginale.

Impegnato nella ricerca di una soluzione alle disastrose piene del Topino verificatesi nei primi decenni dell’800, fu l’ing. Antonio Rutili Gentili, che elaborò un progetto (sulla natura e sui disordini del fiume Topino e sul modo di migliorarne la condizione) che prevedeva la sistemazione del fiume da Foligno fino alla confluenza col Chiascio. Egli propose di lavorare sull’esistente, tramite razionali correzioni dell’alveo, sia con la rettifica delle curve, sia con l’ampliamento della
sezione per renderla capace di contenere piene di 600 metri cubi al secondo.
Per l’esecuzione del progetto, viene costituito il Consorzio idraulico del fiume Topino, con rescritto pontificio del 16 agosto 1842.
Per la sistemazione idraulica dell’area spoletina fu parimenti redatto un progetto dagli ingegneri Scaccia e Folchi, quale compito immediato del Consorzio della Bonificazione Umbra, istituito nel 1828 con atto di papa Leone XII Della Genga.
Gli eventi alluvionali e di piena nella valle umbra come abbiamo visto si sono ripetuti nel corso dei secoli con episodi anche gravissimi per il territorio e la sua economia, si continuerebbero a ripetersi e a provocare ingentissimi danni senza la continua azione di monitoraggio e gestione della rete idrografica, di argini e canali.


Infatti anche oggi la rete idraulica della Valle è caratterizzata da piene improvvise, dovute alla parziale impermeabilità, alla sensibile pendenza dei bacini tributari di monte, ed al contributo di portata di tutta la rete secondaria.
Nella storia del XX secolo a Foligno, si sono verificati diversi eventi di piena che hanno interessato il fiume Topino. Tra questi, l’evento di piena avvenuto il 25/02/1951, quando il Topino apparve paurosamente “gonfiato” in prossimità di Porta Firenze. Una grande turbolenza – o come la definiamo oggi l’energia fluviale - con la quale viene trascinata l’acqua del fiume contenuta ancora all’interno dell’alveo, tenendo presente che la pendenza del corso fluviale nel tratto urbano è pressoché irrilevante.
Ancora, negli anni ’50, ben ventitré volte il solo collettore principale Marroggia - Teverone - Timia, ha rotto gli argini; altri eventi di piena e di rotta si sono avuti negli anni ’60, tra cui l’allagamento della parte bassa della città di Spoleto del 1965.
Le rotture arginali più importanti, si sono verificate dopo tracimazioni conseguenti a precipitazioni critiche della durata di due o più ore consecutive con terreni già saturi. È stato appurato infatti che una manutenzione accurata della rete idraulica, permette un corretto funzionamento idraulico fino alle massime portate consentite dagli alvei anche in occasione di piogge eccezionali.
L’esempio ci viene fornito dall’evento meteorico del 25 e 26 febbraio 1984, quando con livelli di piena prossimi alla tracimazione, dopo una pioggia di quasi 100 mm in poche ore, per il buono stato degli alvei, non si verificarono rotte di sorta, né gravi dissesti; si ebbero solo piccole esondazioni limitate alle acque di scolo secondarie.
La riconferma dello stesso evento e del medesimo comportamento della rete idraulica, ci viene fornita dagli eventi verificatesi tra il 5 e il 6 dicembre 1992 e nel 1998, che fortunatamente non hanno prodotto alcun fenomeno di rotture arginali.