Dopo il mille, i folignati costruiscono nuove e robuste abitazioni, molini, lasciando spazio per l'arengo e il mercato. Si pratica il lavoro artigianale e la terra è più fertile. Gli scambi si intensificano; la popolazione aumenta fino a raggiungere migliaia di unità. Nei primi secoli dopo il mille, iniziò la formazione dei rioni o società intorno al castello originario. Abbiamo di essi una tarda memoria nelle pergamene di Perugia del 1293. La loro formazione risale a molto prima. Si chiamano: Breve del Trivio e di S. Margherita, Breve di Campo, Breve dei Funari, Breve di Porta Cippisco dei S.S.Giovanni e Niccolò, Breve della Strada di Porta Nuova, Breve di S. Masseo, Contrada di S. Pietro e di Posteruola, Contrada di Villa Strada, Contrada di Villa dei Franceschi, Contrada Fonte dell'abete.
La città è divisa in settori chiamati Terzieri: Terzieri di S. Giovanni dell'acqua e di S. Niccolò, Terziero di S. Maria Maddalena, Terziere Superiore.
A quest'epoca risale pure la denominazione delle principali vie: Via della Croce, Via dei Mercato, Via Salara, Via della Fiera, Via Porta Abbadia, Via di Strettura, Via Fonte dei Trivio, Via Borgo Vasaro, Via Pugilli, Via Morlupo, Via Ammaniti.
Foligno assume l'aspetto vero e propio della città e prende il nome di "Nova Civitas Sancti Feliciani," Nova Civitas Fulginei " e, in seguito, soltanto "Civitas Fulginei". La città era circondata da una cinta di mura che gli studiosi ricostruiscono attraverso il seguente itinerario: partendo dall'alveo del Topino, lungo via dei Molini, via dei Monasteri, via N. Alunno, via Pignattara, via dei Gonfalone, e dietro S. Francesco, proseguiva per via dei Cassero, toccava il lato est di Piazza S. Domenico, e per S.Niccolò, raggiungeva di nuovo l'alveo dell'antico corso dei Topino, lungo il quale si allineavano per il tratto nord ovest verso Perugia. Questa cinta muraria ne racchiudeva un'altra di dimensioni minori, che divideva il castrum Sancti Feliciani. Le cerchia di mura, era circondata all'esterno da un fossato e all'interno dalla strada. Quando una cinta di mura non serviva più alla difesa, perché compresa in una cerchia più ampia, vi si appoggiavano gli edifici privati, in costruzione. Esternamente si chiudevano i fossati o carbonare, in corrispondenza delle porte si creavano le piazze, e gli spazi per i mercati. Le nuove mura, che hanno racchiuso Foligno per sei secoli, vennero costruite, tra il 1280 ed il 1281. Per il tratto di mura, bagnate oggi dal Topino, si trattò di una semplice ricostruzione; esse erano gia state innalzate nel 1240 ed erano lambite da un canale, o carbonara, nuova e non dal fiume Topino che scorreva ancora all'interno della Città. Quel tratto di mura verso il 1250 fu diroccata dai Perugini. Essi avevano deviato in quel canale esterno nel 1253 le acque dei Topino allo scopo di accellerare la fine dell'assedio con la resa della città. Dall'anno l280 sino al 1291 narra lo Jacobili, "si fabbricano attorno questa città le nuove mura di pietra" all'interno delle quali furono inclusi tutti i borghi che erano fuori della città, in particolare le contrade: dei Ponte di Cesare, dei Pugilli, dell'Abbadia, e fuori della porta Romana e delle altre antiche parti della città. Sulla cinta muraria si aprirono delle porte: Nuova porta Badia, nuova porta Contrastanga, porta S. Maria Infra Portas, porta S. Giacomo, nuova porta della Croce, porta S. Claudio. Le prime quattro di queste corrispondono oggi a porta Romana, porta Ancona, porta Todi, porta Firenze. La nuova porta della Croce corrisponde all'attuale porta S. Felicianetto. La porta S. Claudio fu eretta in corrispondenza del ponte S. Claudio sul Topino ma essa scomparve forse dopo che il ponte era stato travolto dalle acque de fiume in piena.
Anche questa porta però, è presente nella pianta dei 1635. Si delimitarono, in quei tempi, la Platea Pomorun (piazza Faloci) la platea Canapae (piazza S. Domenico) la platea Veteris (piazza della Repubblica) la platea Nova (piazza dei grano) la platea Communus (Ubi Vendutur vasa)(piazza S.Francesco), la platea de Cruce (al Suffragio) il Trivio Fantis, il Trivium Francescarum. La zona rimasta tra le due cinte murarie, è detta infra Muras Novas et Muras Veteres, i canali o fossati tutto intorno, si chiamano carbonare ed abbiamo ugualmente carbonaras novas et carbonaras veteres. Queste carbonare che non servivano più alla difesa perché sostituite dal fossato più esterno venivano riempite di materiali di scarico fino a formare, sul margine del fossato e a ridosso delle mura, dei cumuli detti "montoroti" montorones. A testimoniare la costruzione delle successive cinta murarie abbiamo la chiesa di S.Maria detta dal 1388 in poi, Infra Portas cioè tra le due porte delle due cinte murarie, mentre prima era detta, Foris Portam cioè fuori della porta della città.